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本題とは関係ありませんが、加筆しておきました。
さて、バージョンによりInnoDBのconfigure有無、オプションの違いがあるので、つまづかないためにメモっときます。
意外に細かい。
3.23ではMySQL-Maxバイナリディストリビューションにのみ組み込まれており、MySQL-3.23.34a以降(3.23系)では--with-innodbオプションでコンパイルの必要があります。
まぁ今後使うことはないと思うので、気にする必要はない気がします。
4.0系〜5.1.2まではデフォルトで組み込まれているのでオプションは不要です。
不要な場合のみ--without-innodbオプションを指定します。
http://dev.mysql.com/doc/refman/4.1/ja/innodb-in-mysql-3-23.html
5.1.3から、InnoDBを有効にするには--with-innodbオプションが復活。5.1.9で廃止されています。
廃止されたオプションに変わり、5.1.11から--with-plugins=innobaseとしてInnoDBを有効にします。
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/en/configure-options.html
なお、利用できるプラグインは--helpで表示される以下です。
Available plugins are: partition daemon_example ftexample archive blackhole csv example federated heap ibmdb2i innobase myisammrg myisam ndbcluster.
廃止された--with-innodbオプションは、Warningは出力されるものの、たぶん--with-plugins=innobaseのエイリアスとしてInnoDBは有効になります。
なお有効になっただけで、利用するには/etc/my.cnfの設定が必要で、innodb_ から始まるコメントアウトを適宜外して設定。
InnoDBが有効になっていない状態でmysqlデーモンを起動すると、エラーログに以下のように出力されているのです。(そんな変数は知りません!と)
[ERROR] /usr/local/libexec/mysqld: unknown variable 'innodb_data_home_dir=/var/lib/mysql/'
(innodb_data_home_dirが設定の始めに引っ掛かるので)